任何水利水电工程对生态与环境的影响都是有利有弊的。规模巨大的三峡工程呢？经过设计过程中的反复论证，加上大坝蓄水后几年来的严密观测，我们可以毫不犹豫地得出这样的结论：总体来看利大于弊。
三峡工程对生态与环境的影响有利有弊，且影响的时空分布不均匀。其影响自工程准备期开始，会持续很长时间。有些影响如施工的影响只在一定时期内发生作用，而有些影响如泥沙淤积等则长期存在，并具有累积性。不同时段受影响的因子和强度不同，年内各月影响变化与水库水位调控密切关联。在空间分布上，有利影响主要在中游，而不利影响主要在库区，但主要的不利影响大多数在采取对策和措施后可得到减免。
有利影响主要有：
1、可有效控制长江上游洪水，提高长江中下游特别是荆江河段的防洪能力，有效地减免洪涝灾害带来的生态与环境的破坏，减缓洞庭湖的淤积和萎缩；
2、提高长江中下游的抗旱能力，大旱之年能为中下游提供生活供水和生态补水。有利于珍稀特有鱼类越冬，减少上海市饮用水源受咸潮影响时间；
3、增加长江中下游枯水期流量，有利于改善枯水期水质和增加航道水深，并可为南水北调提供水源条件；
4、三峡水电站利用水能资源发电，与燃煤发电相比，可年均减少排放6435万吨二氧化碳，77万吨二氧化硫，37万吨氮氧化物（2010年折算数）；
5、三峡水库成为深水航道，航运成本与能耗大大降低，拖载能力大大提高，成为典型的节能减排“绿色航线”。
不利影响主要有：
1、水库淹没耕地、移民和城镇迁建，会加剧库区人多地少的矛盾，并由此可能加剧植被破坏和水土流失；
2、建库前库区工业和生活废水年排放量已超l0亿吨，沿江城镇的局部江段已形成了较严重的污染带。建库后，库区水体流速减缓、复氧和扩散稀释能力下降，水体的自净能力减弱，若不加强污染源治理，将加重局部水域污染；
3、改变库区及长江中下游水生生态系统的结构和功能，一些珍稀、濒危物种的生存条件受到影响，对四大家鱼的自然繁殖可能会带来不利影响；
4、三峡水库运行后，长江中下游河道出现冲淤变化，上游重庆市江段部分泥沙淤积。
为了把不利影响降到最低限度，国家采取了多种有效措施。比如，外迁了19.6万农村移民，依法破产关闭了1102户污染严重的受淹企业，每个城市、县城、集镇都建设了污水处理厂和垃圾填埋场，实施了工矿企业准入制度，工矿企业生产废水必须达标排放，水库内（包括支流）严禁网箱养鱼；水库蓄水前进行了严格的库底清理，因此从未发现鼠疫、霍乱病例和血吸虫宿主钉螺的存在；对濒危生物（包括植物和水生生物）采取了效果显著的抢救措施，建立了生态环境多种因子的监测网。
监测成果显示：三峡库区及相关区域的生态环境质量总体良好。水库水质基本稳定在Ⅱ、Ⅲ类水平（经过自来水厂的处理可供饮用），目前出现的生态与环境现象未超出环境影响预测的范围。
但也应该意识到：三峡工程对库区的不利影响及其防治，是一项长期而艰巨的任务。需要针对库区特殊的生态与环境保护要求，制定相应的发展和考核目标，建立生态补偿机制，走出一条生态环保与经济社会发展的双赢道路。
