为了确保三峡工程的顺利进行，党中央、国务院对三峡工程的建设给予了高度重视，1993年1月，国务院成立了国务院三峡工程建设委员会（简称国务院三峡建委），作为三峡工程高层次决策机构。国务院三峡建委主任由历届国务院总理或副总理兼任，成员为国务院相关直属部门、湖北省人民政府和重庆市人民政府、长江委、中国三峡集团、国家电网公司的负责人。
在国务院三峡建委下设办公室，作为国务院三峡建委的日常办事机构，主要负责国务院三峡建委重大决策的贯彻落实，履行三峡工程建设过程中组织协调、保障服务及监督检查等政府职能（包括稽查、验收等）。
成立中国长江三峡工程开发总公司（2009年9月更名为中国长江三峡集团公司，简称中国三峡集团），作为三峡枢纽工程的项目法人，全面负责三峡枢纽工程建设和经营、所需资金的筹措、使用、债务偿还以及枢纽建成后的运营，此外还负责移民工程所需资金的筹集及还贷；国家电网公司负责输变电工程的建设以及跨区联网工程的管理及所需资金。三峡工程建设中，采取了适应社会主义市场经济的建设管理体制，实行了国际上通行的以项目法人负责制为中心的招标承包制、合同管理制、项目监理制的工程建设管理体制，以确保质量，控制进度和投资。
国务院三峡建委专门成立质量检查专家组，聘请了中国科学院和中国工程院院士等权威专家，负责三峡枢纽工程全面的质量检查，从最高层面监督三峡枢纽工程质量。
三峡库区移民工作，在国务院三峡建委的领导下，采取“中央统一领导、分省（直辖市）负责、县为基础”的管理体制，实行开发性移民方针，动员全国对口支援三峡库区，由湖北省、重庆市及其下属的三峡库区各县（市、区）按照“资金和任务双包干”的原则组织实施。
三峡工程的设计总成单位为长江委，负责三峡枢纽工程和移民工程的规划与设计。
实践证明，三峡工程的这一建设体制，理顺了政府、企业和市场之间的关系，为三峡工程建成世界一流工程提供了最坚实的组织与制度保障。
在国家组织建设过程中，按照全国人大批准的三峡工程建设方案进行，也就是我们常说的“一级开发，一次建成，分期蓄水，连续移民”。
一级开发：在湖北省宜昌市三斗坪至重庆河段，实行一级开发，中间不再在长江干流上修建水利水电工程。
一次建成：三峡枢纽工程大坝、水电站、船闸等建筑物均一次建成。
分期蓄水：三峡水库分期蓄水至正常蓄水位175米。2003年围堰期发电蓄水位为135米；2006年初期运行水位为156米，2008年开始175米试验性蓄水，2010年10月蓄水至175米正常蓄水位。
连续移民：三峡库区移民分期分批连续进行，与枢纽工程进度相衔接。
